A BMF pertence ao Departamento de Cultura, Divisão de Bibliotecas e Museus tutelada pela Câmara Municipal do Funchal.

Foi criada por deliberação camarária a 12 de Janeiro de 1838 sob a presidência de Sérvulo Drumond de Menezes. Decidiu-se instituir uma biblioteca que seria um “depósito dos conhecimentos humanos que desenvolve e aperfeiçoa a instrução recebida nas escolas.”

Na época situava-se numa única sala na própria Câmara, então instalada num edifício ao Largo do Pelourinho.

A mudança de instalações para o Palácio de S. Pedro, situado na rua da Mouraria na cidade do Funchal, pertença do Conde Carvalhal, ocorre a 19 de Setembro de 1929. O edifício é adquirido pela Câmara Municipal em hasta pública.

No dia 23 de Janeiro de 1930, a Biblioteca Municipal do Funchal começa a ser transferida para o palácio.

Quase 100 anos volvidos, o edifício está obsoleto, pelo que em 2009 a Biblioteca muda novamente de instalações. Desta feita para um piso do edifício 2000.

Com as novas instalações, inauguradas a 24 Setembro de 2009, a BMF recebe novos espaços: receção, três salas de leitura de documentos, depósito, espaço de tratamento técnico. Aos serviços existentes nas antigas instalações: informação e referência, adicionamos  o serviço de empréstimo; melhoramos o serviço de reprodução ao incluir a digitalização e envio por e-mail, aumentamos ainda a oferta dos serviços de leitura presencial; leitura de reservados e leitura geral.

Ao longo dos anos foram muitos os bibliófilos que doaram, na totalidade ou parcialmente, o seu acervo como é o caso de Henry Hinton, Florival de Passos ou Joel Serrão, entre outros. Estas valiosas doações contribuíram para o vasto acervo bibliográfico de que se orgulha a BMF. Em termos quantitativos podemos dizer que este se iniciou com 193 volumes da célebre Encyclopedie Méthodique, adquirida aos herdeiros do Conde de Carvalhal. Este acervo documental é constituído essencialmente por obras do século XVII, XVIII e XIX cujo valor patrimonial é inquestionável e inestimável e está repartido pelas mais diversas áreas do saber, evidenciando-se aquelas cuja temática incide sobre a Madeira. Destacam-se também os periódicos regionais de 1821 até a atualidade, assim como as obras provenientes de bibliotecas privadas como anteriormente mencionado.

Neste momento, contamos com um número superior a 300 000 volumes.

No ano de 2012, com a extinção da biblioteca da Fundação Calouste Gulbenkian, o seu acervo é incorporado na BMF. Dada a existência de exemplares repetidos, surgiu a necessidade de selecionar as obras para distribuir pelas restantes bibliotecas municipais do Funchal, a cargo da Câmara Municipal do Funchal. Os restantes exemplares foram oferecidos às escolas ou instituições de solidariedade para enriquecimento das suas bibliotecas.